Durante la serie Fate, coppie di Master e spiriti eroici - noti anche come Servant - si sono scontrate nel corso della storia in una serie di Guerre del Santo Graal, in cui la coppia vincitrice ha sempre ricevuto un antico artefatto in grado di esaudire i desideri. Fate/Samurai Remnant continua l'epica Guerra del Santo Graal nel quarto anno dell'Era Keian, nel Giappone del Periodo Edo.

Sono passati diversi decenni dalla fine di un'epoca turbolenta e intrisa di spargimenti di sangue e, mentre la popolazione si gode finalmente la pace e la tranquillit, una battaglia tra sette coppie di Master e i loro Servant sta per iniziare, mentre il "Rituale della Luna Crescente" si svolge nell'ombra. qui che il protagonista del gioco, Miyamoto Iori, un giovane di Asakusa, si ritrova coinvolto nella violenza insieme al suo Servant Saber, mentre lottano per essere la coppia vincitrice e ricevere loggetto in grado di esaudire i desideri, il "Vessillo della Luna Crescente".